Az útmutató célja, hogy segítse a mezőgazdaságért és természetvédelemért felelős tagállami közigazgatási hatóságokat és az érintettek legfontosabb csoportjait a Natura 2000 területeken az olyan gazdálkodási rendszerek fejlesztésében és előmozdításában, amelyek segítik a ritka és veszélyeztetett élőhelyek és uniós jelentőségű fajok védettségi helyzetének fenntartását és javítását.Az útmutató áttekintést nyújt azokról a fontosabb kérdésekről, amelyekkel a gazdálkodás és a Natura 2000 közötti kapcsolat tekintetében kell foglalkozni, továbbá egy sor, az egész EU- ból származó bevált gyakorlatokon alapuló praktikus ötletet, példát és ajánlást tartalmaz a Natura 2000 területeken található mezőgazdasági földterületek kezelését illetően.Az útmutató a gazdálkodási rendszerek és mezőgazdasági gyakorlatok egyes típusain keresztül különböző megközelítéseket mutat be az uniós jelentőségű élőhelyek és fajok fenntartására szolgáló megfelelő intézkedések kialakítását, koordinációját és végrehajtását illetően. Különleges figyelmet érdemel e tekintetben a Natura2000 gazdálkodási intézkedéseknek a vidékfejlesztési programokba történő beillesztése.