Az irányelv függelékeiben felsorolt, közösségi szempontból jelentős fajok és élőhelytípusok képezik a területkijelölés alapját. A madárvédelmi területekével ellentétben a különleges természetmegőrzési területek kijelölése hosszadalmas folyamat, amelyben az adott tagállam és az Európai Bizottság szakértőinek többszörös egyeztetései során véglegesítik a kijelöléseket. A hazai kijelölt területek, s így az egész Natura 2000 hálózat véglegesítése nagyrészt lezárult, szinte az összes Natura 2000 területünk immár jóváhagyott terület.
A különleges természetmegőrzési területek átlagos kiterjedése kisebb, mint a madárvédelmi területeké, nem ritka a csupán néhány száz hektáros terület sem.
A természetmegőrzési területek természetvédelmi prioritásai elérhetőek a http://www.termeszetvedelem.hu/termeszetvedelmi-celkituzesek-prioritasok-natura-2000-teruleteken oldalon. A területek leírásai itt lentebb találhatók.
Különleges Természetmegőrzési Területek
Magyarországon jelenleg 467 különleges természetmegőrzési területet jelöltek ki. A további egyeztetések hozhatnak kisebb változásokat, a területek számának és pontos lehatárolásának tekintetében.
Az Európai Bizottság 2007. november 13-i határozatával elfogadta a pannon biogeográfiai régió különleges természetmegőrzési területeinek jegyzékét. A legtöbb terület így átkerült a jelölt (pSCI) státuszból az jóváhagyott (SCI) státuszba, néhány területtel, azok esetleges bővítésével kapcsolatban további egyeztetések zajlanak.
A jelenleg hatályos jogszabályban felsorolt természetmegőrzési területek az alábbiak. A listából ismert nevű terület nevét célszerű a böngésző kereső funkciójával (Szerkesztés(Edit)/Keresés(Find)) keresni. A linkek az EU Natura 2000 Viewer oldalára mutatnak, az adatlapok magyarázatai ezért angol nyelvűek. Magyar nyelvű adatlapok a natura.2000.hu oldal főlapján található térképes keresővel érhetőek el, vagy az MME tudástáráből.
Különleges természetmegőrzési területnek jelölt területek
Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság
Bózsva-patak
Mádi Bomboly-bánya
Mádi Kakas-hegy
Bükki Nemzeti Park Igazgatóság
Nagylóci Kő-hegy
Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság
Nyírábrányi Kis-Mogyorós bővítése
Bátorligeti láp bővítése
Apagyi Albert-tó bővítése
Apagyi Falu-rét bővítése
Kiemelt jelentőségű természetmegőrzési területnek jelölt területek
Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság
Aggteleki-karszt és peremterületei bővítése
Szuha-völgy bővítése
Tállyai Patócs-hegy-Sátor-hegy bővítése
Baskói rétek bővítése
Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság
Keleti-Bakony bővítése
Papod és Miklád bővítése
Bükki Nemzeti Park Igazgatóság
Bujáki Hényeli-erdő és Alsó-rét
Tiszaújvárosi ártéri erdők
Duna-Ipoly Nemzeti Park Igazgatóság
Budai-hegység bővítése
Csévharaszti homokvidék bővítése
Turjánvidék bővítése
Jászkarajenői puszták
Gödöllői-dombság bővítése
Fertő-Hanság Nemzeti Park Igazgatóság
Gönyüi-homokvidék bővítése
Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság
Hortobágy bővítése
Derecske-konyári gyepek bővítése
Kismarjai Nagy-szik bővítése
Újtanyai lápok bővítése
Lányi-legelő bővítése
Jászalsószentgyörgyi erdő
Biri Nagy-rét
Liget-legelő
Penészleki gyepek
Felső-Tisza bővítése
Körös-Maros Nemzeti Park Igazgatóság
Hódmezővásárhely környéki és csanádi-háti puszták bővítése
Gyula-szabadkígyósi gyepek bővítése
Dél-bihari szikesek bővítése
Kiskunsági Nemzeti Park Igazgatóság
Solti ürgés gyep bővítése
Déli-Homokhátság bővítése
Felső-kiskunsági szikes tavak és Mikla-puszta bővítése
Jánoshalma-kunfehértói erdők bővítése
Harkai-tó bővítése
Tázlár-kiskunhalasi homokbuckák bővítése
Gátéri Fehér-tó bővítése
Hajósi-homokpuszta bővítése
Kékhegyi Lőtér
Jóváhagyott különleges természetmegőrzési területek
Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság
Révleányvári erdők
Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság
Szentkirályszabadja
Balatonkenesei tátorjános
Zalaegerszegi Csácsi-erdő
Nagykapornaki erdő
Remetekert
Dél-balatoni berkek
Kopasz-dombi erdő
Somogymeggyesi erdő
Balatonkeresztúri rétek
Holládi-erdő
Bükki Nemzeti Park Igazgatóság
Mezőcsáti Rigós
Boldogi Vajda-rét
Recski Hegyes-hegy
Középső-Ipoly-völgy
Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság
Ormánsági erdők
Ócsárd-Hegyszentmártoni völgyek
Mocsoládi-erdő
Lengyel-hőgyészi erdők
Nagyhajmási dombok
Töttösi-erdő
Székelyszabari erdő
Gyékényesi erdők
Duna-Ipoly Nemzeti Park Igazgatóság
Ácsi gyepek
Mocsai ürgés legelő
Zámolyi-medence
Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság
Felső-Sebes-Körös
Nyírábrányi Káposztás-lapos
Nyírábrányi Kis-Mogyorós
Csohos-tó
Létavértesi Falu-rét
Fülöpi láprétek
Hanelek
Bátorligeti láp
Piricsei Júlia-liget
Apagyi Albert-tó
Apagyi Falu-rét
Paszabi kubikgödrök
Csikós-lápos
Pusztamizsei-erdő
Kisvárdai gyepek
Vajai-tároló
Tócó-völgy
Daru-rét
Kraszna menti rétek
Nyírbogdányi rét
Orosi gyepek
Balkányi Libegős
Tunyogmatolcsi Holt-Szamos
Gőgő-Szenke
Körös-Maros Nemzeti Park Igazgatóság
T-erdő
Körösközi erdők
Gyepes-csatorna
Sarkadi Fási-erdő
Köles-ér
Korhány és Holt-Korhány
Orosi tölgyes
Gyantéi erdők
Kiskunsági Nemzeti Park Igazgatóság
Szabadszállási ürgés gyep
Szegedi ürgés gyep
Őrségi Nemzeti Park Igazgatóság
Köles-tető
Gyöngyös-patak és kőszegi Alsó-rét
Jóváhagyott kiemelt jelentőségű természetmegőrzési területek
Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság
Aggteleki-karszt és peremterületei
Rakaca-völgy és oldalvölgyei
Bódva-völgy és Sas-patak-völgye
Hernád-völgy és Sajóládi-erdő
Szuha-völgy
Sajó-völgy
Bodrogzug és Bodrog hullámtere
Tokaji Kopasz-hegy
Bodrogszegi Várhegy
Tállyai Patócs-hegy-Sátor-hegy
Sárospataki Mandulás
Erdőbényei-olaszliszkai magyar nőszirmos sztyepprétek
Pácini Mosonna-erdő
Long-erdő
Felsőregmeci Ronyva
Központi-Zempléni-hegység
Északi-Zempléni-hegység
Baskói-rétek
Regéci Várhegy
Füzéri Pál-hegy
Komlóskai Mogyorós-tető és Zsidó-rét
Telkibányai Király-hegy
Bózsvai Temető-alja
Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság
Keleti-Bakony
Papod és Miklád
Kab-hegy
Agár-tető
Tihanyi-félsziget
Monostorapáti Fekete-hegy
Csatár-hegy és Miklós Pál hegy
Devecseri Széki-erdő
Felső-Nyirádi-erdő és Meggyes-erdő
Sásdi-rét
Pécselyi-medence
Marcal-medence
Öreg-hegyi riviéra
Kádártai dolomitmezők
Megye-hegy
Szent György-hegy
Péti-hegy
Mogyorós-hegy
Hajmáskéri Törökcsapás
Berhidai-löszvölgyek
Badacsony
Tótvázsonyi Bogaras
Nemesvámosi Szár-hegy
Tapolcai-medence
Uzsai-erdő
Dörögdi-medence
Balatonfüredi-erdő
Keszthelyi-hegység
Alsó-Zala-völgy
Nyugat-Göcsej
Vétyempuszta
Mura mente
Kerka mente
Szévíz-Principális-csatorna
Oltárc
Felső-Zala-völgy
Kebele
Dél-zalai homokvidék
Csörnyeberek
Sárvíz-patak mente
Északi-Bakony
Balaton
Kis-Balaton
Fehérvíz
Balatonendrédi dombok
Pogány-völgyi rétek
Ordacsehi berek
Ádándi Felső-hegy
Köröshegyi-erdők
Vityai-erdő
Somogytúri erdők
Látrányi-puszta
Ságvári dombok
Bükki Nemzeti Park Igazgatóság
Bükk-fennsík és Lök-völgy
Hór-völgy és Déli-Bükk
Szarvaskő
Kisgyőri Ásottfa-tető-Csókás-völgy
Miskolctapolcai Tatár-árok-Vörös-bérc
Kisgyőri Halom-vár-Csincse-völgy-Cseh-völgy
Vár-hegy-Nagy-Eged
Tard környéki erdőssztyepp
Szomolyai Kaptár-rét
Ostoros-patak menti erdőspuszta
Egerbakta-Bátor környéki erdők
Hevesaranyosi-Fedémesi dombvidék
Gyepes-völgy
Izra-völgy és Arlói-tó
Borsodbótai Kotyindó-tető
Upponyi-szoros
Csernely-patak völgye
Sátai Tőkés-völgy
Domaházi Hangony-patak völgye
Nagybarcai Liget-hegy és sajóvelezdi Égett-hegy
Ózdi Harmaci-dombok
Girincsi Nagy-erdő
Hejő mente
Tiszakeszi-morotva
Borsodi-Mezőség
Poroszlói szikesek
Kétútközi-legelő
Nagy-Hanyi
Kerecsendi Berek-erdő és Lógó-part
Pusztafogacs
Nagy-fertő-Gulya-gyep-Hamvajárás szikes pusztái
Pélyi szikesek
Verpeléti Vár-hegy
Gyöngyösi Sár-hegy
Mátra északi letörése
Gyöngyöstarjáni Világos-hegy és Rossz-rétek
Mátrabérc-Fallóskúti-rétek
Gyöngyöspatai Havas
Nyugat-Mátra
Apci Somlyó
Petőfibányai Kopasz-hegy
Szentkúti Meszes-tető
Tepke
Bézma
Bujáki Csirke-hegy és Kántor-rét
Szandai Várhegy
Sóshartyáni Hencse-hegy
Karancs
Salgó
Gortva-völgy
Szilvásváradi Aszaló és Szilvás-patak mente
Sajómercsei Körtvélyes-dűlő
Kesznyéteni Sajó-öböl
Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság
Tenkes
Villánykövesdi Fekete-hegy
Dél-Zselic
Szársomlyó
Kelet-Dráva
Szekszárdi-dombvidék
Geresdi-dombvidék
Jánosházi-erdő és Égett-berek
Kisbajomi erdők
Észak-Zselici erdőségek
Pati-erdő
Mernyei-erdő
Közép-mezőföldi löszvölgyek
Szakadáti löszgyepek
Tolnai Duna
Aparhanti sztyepp
Koppány-menti rétek
Kisszékelyi-dombság
Mecsek
Gemenc
Dékány-hegy
Tengelici homokvidék
Boronka-melléke
Béda-Karapancsa
Törökkoppányi erdők
Szenesi-legelő
Darányi borókás
Ormánsági vizes élőhelyek és gyepek
Csokonyavisontai fás legelő
Nyugat-Dráva
Zákány-őrtilosi dombok
Közép-Dráva
Rinyaszentkirályi-erdő
Nyugat-Dráva-sík
Szentai erdő
Pécsi-sík
Paksi ürgemező
Tengelici rétek
Paksi tarka sáfrányos
Dunaszentgyörgyi-láperdő
Szedresi Ős-Sárvíz
Duna-Ipoly Nemzeti Park Igazgatóság
Adony-perkátai löszvölgyek
Alapi kaszálórétek
Aszal-völgy
Bársonyos
Belsőbárándi löszvölgy
Besnyői löszvölgy
Börzsöny
Budai-hegység
Budaörsi kopárok
Csépi gyepek
Csévharaszti homokvidék
Csolnoki löszgyepek
Debegió-hegy
Déli-Gerecse
Epöli szarmata vonulat
Érd-tétényi plató
Északi-Gerecse
Felső-Tápió
Gerecse
Gerje mente
Gógány- és Kőrös-ér mente
Gödöllői-dombság
Tápiógyörgye-Újszilvási szikesek
Hajta mente
Ipoly-völgy
Kelet-mezőföldi löszvölgyek
Kirvai löszgyepek
Kocsi gyepek
Központi-Gerecse
Lajoskomáromi löszvölgyek
Móri-árok
Duna és ártere
Nagykőrösi pusztai tölgyesek
Nagylóki löszvölgyek
Nyakas-tető szarmata vonulat
Nyugat-Cserhát és Naszály
Pilis és Visegrádi-hegység
Gödöllői-dombság peremhegyei
Póc alja
Ráckevei Duna-ág
Rekettyés
Sárrét
Szigethalmi homokbuckák
Székek
Szigeti homokok
Szomódi gyepek
Szentgyörgypuszta
Alsó-Tápió és patakvölgyek
Turjánvidék
Érd-Százhalombattai táblarög
Velencei-hegység
Velencei-tó
Veresegyházi-medence
Vértes
Fertő-Hanság Nemzeti Park Igazgatóság
Rábaköz
Fertő-tó
Fertőmelléki dombsor
Dudlesz-erdő
Péri-repülőtér
Pannonhalmi-dombság
Gönyüi-homokvidék
Répce mente
Rába
Soproni-hegység
Határ-menti erdők
Szigetköz
Hanság
Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság
Felső-Tisza
Hortobágy
Tisza-tó
Nagy-Széksós-Rakottyás
Pocsaji csordalegelő
Szentpéterszeg-Hencidai gyepek
Kismarj-pocsaj-esztári gyepek
Derecske-konyári gyepek
Pocsaji-kapu
Hencidai Csere-erdő
Sándorosi-tavak
Közép-Bihar
Kismarjai Nagy-szik
Közép-Tisza
Kék-Kálló-völgye
Hajdúbagosi-legelő
Mikepércsi Nyárfáshegyi-legelő
Bánki-erdő
Monostorpályi-legelő
Halápi Álló-hegy
Rauchbauer-erdő
Hármashegyi-tölgyesek
Martinkai-legelő
Kőrises-Jónás-rész
Gúti-erdő
Debrecen-hajdúböszörményi tölgyesek
Ömbölyi-erdő és Fényi-erdő
Bátorligeti Nagy-legelő
Újtanyai lápok
Napkori-legelő
Jászdózsai Pap-erdő
Kaszonyi-hegy-Dédai-erdő
Gelénes-Beregdaróc
Vámosatya-Csaroda
Tarpa-Tákos
Lónya-Tiszaszalka
Kömörő-Fülesd
Eret-hegy
Magosligeti-erdő és gyepek
Csaholc-Garbolc
Rozsály-Csengersima
Jánki-erdő
Grófi-erdő
Teremi-erdő
Bika-rét
Nyíregyházi lőtér
Ófehértói lőtér
Baktai-erdő
Rohodi-legelő
Nyírturai-legelő
Hajdúszoboszlói szikes gyepek
Darvasi Csiff-puszta
Nyírmihálydi-legelő
Bökönyi Közös-legelő
Jászárokszállási szikesek
Alattyáni Berki-erdő
Borsóhalmi-legelő
Jászfényszarui-erdő
Jászsági Zagyva-ártér
Újszász-jászboldogházi gyepek
Jászapáti-jászkiséri szikesek
Alsó-Zagyva hullámtere
Hajdúszováti gyepek
Kaba-földesi gyepek
Lányi-legelő
Dél-ásványi gyepek
Gatály
Bihari-legelő
Berekböszörmény-körmösdpusztai legelők
Csökmői gyepek
Újfehértói gyepek
Nagy-Vadas
Sóstói-erdő
Tiszalöki szikesek
Tiszavasvári szikesek
Czakó-tó
Nyírgyulaji Kis-rét
Nyírség-peremi égeresek
Kállósemjéni Csordalegelő
Aranyosi-legelő
Szalóki Nagy-fertő
Úrbéri-legelő
Tiszaigar-tiszaörsi Körtvélyes
Kenderesi-legelő
Kecskeri-puszta és környéke
Hegyesbor
Pásztói-legelő
Mezőtúri Szandazugi-legelő
Kunszentmártoni Bábockai-legelő
Szelevényi Tó-köz
Csépa-szelevényi gyepek
Cserkei Nagy-fertő
Tiszasasi Láp-legelő
Tiszaugi Körtvélyes és Bokros
Tiszakürt-tiszainokai gyepek
Sámsoni úti bellegelő
Körös-Maros Nemzeti Park Igazgatóság
Hódmezővásárhely környéki és csanádi-háti puszták
Hómezővásárhelyi Kék-tó
Száraz-ér
Deszki gyepek
Mágocs-ér
Csorvási löszgyep
Maros
Mezőhegyes-battonyai gyepek
Gyula-szabadkígyósi gyepek
Fekete-, Fehér- és Kettős-Körös
Bélmegyeri Fás-puszta
Dévaványa környéki gyepek
Hortobágy-Berettyó
Sebes-Körös
Hármas-Körös
Holt-Sebes-Körös
Dél-bihari szikesek
Tóniszállás-szarvasi gyepek
Cserebökény
Tőkei gyepek
Szentesi gyepek
Lapistó-Fertő
Kurca
Kiskunsági Nemzeti Park Igazgatóság
Felső-kiskunsági szikes puszta
Peszéri-erdő
Felső-kiskunsági turjánvidék
Dél-Bácska
Tass-szalkszentmártoni szikes puszta
Nagynyíri-erdő
Solti ürgés gyep
Déli-Homokhátság
Felső-kiskunsági szikes tavak és Mikla-puszta
Fülöpházi homokbuckák
Fülöpszállás-soltszentimre-csengődi lápok
Hajósi-homokpuszta
Ágasegyháza-orgoványi rétek
Matkópusztai ürgés gyep
Közép-csongrádi szikesek
Jánoshalma-kunfehértói erdők
Baksi-puszta
Harkai-tó
Ökördi-erdőtelek-Keceli lápok
Kiskőrösi turjános
Tázlár-kiskunhalasi homokbuckák
Bócsa-bugaci homokpuszta
Fülöpházi Hosszú-rét
Móricgáti lápok
Péteri-tó
Tisza Alpár-bokrosi ártéri öblözet
Csongrádi Kónya-szék
Pirtói Nagy-tó
Alsó-Tisza hullámtér
Dél-Őrjeg
Érsekhalma-nemesnádudvari löszvölgyek
Nyárlőrinci-erdő
Harkakötöny-kiskunmajsai homokbuckák
Imre-hegy-pirtó-kiskunhalasi homokbuckák
Csongrád-Bokrosi Sóstó
Gátéri Fehér-tó
Izsáki Kolon-tó
Őrségi Nemzeti Park Igazgatóság
Ság-hegy
Kőszegi-hegység
Ablánc-patak völgye
Váti gyakorlótér
Pinka
Rába és Csörnöc-völgy
Csöngei legelő
Kenyeri reptér
Kemenessömjéni cserjés legelő
Öregcser
Gércei tufagyűrű és láprét
Őrség