A Natura 2000 hálózat az Európai Unió két természetvédelmi irányelve alapján kijelölendő területeket - az 1979-ben megalkotott madárvédelmi irányelv (79/409/EGK) végrehajtásaként kijelölendő különleges madárvédelmi területeket és az 1992-ben elfogadott élőhelyvédelmi irányelv (43/92/EGK) alapján kijelölendő különleges természetmegőrzési területeket - foglalja magába.
Az élőhelyvédelmi irányelv végrehajtásakor öltött testet az az igény, hogy az EU tagjainak közös alapokon nyugvó, egyéges természetvédelmi politikára és természetvédelmi célt szolgáló, összegüggő területhálózatra - a Natura 2000 hálózatra - van szüksége. Az irányelvek megalkotásáig a tagállamok hatásköre volt a természetvédelmi területek rendszerének fenntartása és működtetése. A tagállamok a különféle nemzetközi egyezmények (lásd lentebb) és szakmai sztenderdek (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources, röviden IUCN védett területek osztályozására vonatkozó nemzetközi ajánlásai) alapján jelölték ki a védendő területeiket és működtették a természetvédelmi intézményrendszerüket. Ez a biológiai sokféleség csökkenésének veszélyeit felismerő EU-s szakpolitika számára azért okozott gondot, mert a beruházások, támogatási rendszerek ugyan egységes elvek szerint működtek az EU elődjében, de azok természetvédelmi következményei nagyon változatos tagállami intézményrendszerre és helyzetre hatottak, részben természetvédelmi hatásban, részben gazdasági versenyképesség szempontjából jelentősek voltak az eltérések a tagállamokban. Az egész EU-ben egységes szakmai alapokra épülő Natura 2000 koncepció ezeket az eltéréseket simítja ki intézményi, területvédelmi szempontok alapján, hiszen a két direktívának a joganyagát a tagállamoknak kötelezően be kell építeniük a saját jogrendjükbe.
A tagállamok az alábbi kronológiai sorrendben megszülető nemzetközi természetvédelmi (illetve jelentős természetvédelmi hatású) egyezményekből merítve alakították a természetvédelmi intézményrendszerüket és a védett területeik kijelöléséhez, működtetéséhez szükséges elveket. A két EU-s direktíva sokat merített ezeknek az egyezményeknek az elveiből. Fontos hangsúlyozni, hogy ezek az egyezmények ugyan egységes kötelezettségeket jelentenek, de a végrehajtásuk állami értelmezéstől függ, végrehajtásuk egységes kivitelezése nem EU szinten dől el - a két EU-s direktíva kivételével. A Natura 2000 hálózat azt a problémát is kiküszöböli, hogy ha az egyik tagállam esetleg nem vagy később csatlakozik egyik vagy másik nemzetközi természetvédelmi egyezményhez.
1971 - Ramsari Egyezmény
1972 - UNESCO Vilárörökség program
1972 - Bioszféra-rezervátumok (UNESCO MAB) program
1973 - Washingtoni Egyezmény
1979 - Berni Egyezmény
1979 - Bonni Egyezmény
1979 - Madárvédelmi Irányelv
1992 - Biológiai Sokféleség Egyezmény
1992 - Élőhelyvédelmi Irányelv
2000 - Európai Táj Egyezmény